當上海企業的營業執照正副本遺失后，辦理企業注銷可能會面臨一些額外的挑戰。然而，只要按照正確的步驟和程序進行操作，這一過程仍然是可以完成的。以下是針對這一情況的詳細辦理流程。

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一、登報聲明

一旦發現營業執照正副本遺失，企業應立即選擇一家具有影響力的報紙進行登報聲明。登報聲明的內容應包括企業名稱、營業執照遺失的時間、地點以及聲明作廢的意圖。這一步驟的目的是為了向社會公眾公示營業執照的遺失情況，避免被他人非法利用。

二、準備相關材料

在辦理企業注銷前，需要準備以下相關材料：

1. 企業法定代表人或負責人的身份證明；
2. 企業公章、財務章等相關印章；
3. 企業營業執照遺失聲明報紙原件；
4. 企業稅務登記證、組織機構代碼證等相關證照；
5. 企業注銷申請表；
6. 其他可能需要的證明材料。

三、提交注銷申請

將以上準備好的材料提交至企業所在地的工商行政管理部門。在提交材料時，應詳細說明營業執照遺失的情況，并承諾在辦理注銷過程中承擔相應的法律責任。工商行政管理部門將對提交的材料進行審核，如發現問題將要求企業進行補充或更正。

四、辦理注銷手續

工商行政管理部門審核通過后，將開始辦理企業注銷手續。這一過程中，企業需按照要求完成相關手續，如繳納應繳稅款、清算企業債務等。完成所有手續后，工商行政管理部門將出具企業注銷證明，標志著企業正式注銷。

五、注意事項

在辦理企業注銷過程中，企業應注意以下事項：

1. 及時登報聲明營業執照遺失，避免被他人非法利用；
2. 準備材料時務必齊全、準確，確保順利通過審核；
3. 辦理注銷過程中，企業應積極配合工商行政管理部門的工作，按時完成相關手續；
4. 辦理完注銷手續后，企業應及時通知相關合作伙伴、供應商等，告知企業已注銷的情況；
5. 注銷后，企業應妥善保管好相關證照和印章，避免遺失或被盜用。

總結來說，上海企業的營業執照正副本遺失后辦理企業注銷雖然會面臨一些額外挑戰，但只要按照正確的步驟和程序進行操作，并嚴格遵守相關法律法規和注意事項，這一過程仍然是可以順利完成的。希望以上內容能對您有所幫助。